台灣造山運動可分成兩個主要階段：第一階段發生於中生代大南澳片岩變質基盤之中，相當南澳運動。第二階段作用於新生代範圍遍及臺灣全島，相當蓬萊運動。
南澳運動形成的中央山脈東翼的變質雜岩〈通稱大南澳片岩〉目前代表亞洲大陸地殼的一部，其原先沉積岩層時代為二疊紀到中生代。之後可能經過數期地殼變動和變質作用，最主要的變動發生於中生代晚期，形成兩個變質帶《成雙變質帶》：〈圖一〉〈圖二〉
《一》西部太魯閣帶：由各類片岩、片麻岩、大理岩、角閃岩，和少量基性火成岩岩塊組成，有酸性侵入岩。代表高溫低壓的環境。
《二》東部玉里帶：為岩性單調的泥質片岩系，夾有海洋地殼來源的基性或超基性火成岩岩塊，但缺少大理岩及酸性火成岩。代表低溫高壓的環境。
|
|
 |
|
圖一 |
圖二 |
在新生代時，位於歐亞大陸板塊和菲律賓海板塊交界的台灣發生了另一次驚天動地的造山運動，就是著名的蓬萊造山運動， 現今台灣島主要的形貌就是在蓬萊造山運動中成形的。而臺東縱谷就是在臺灣所見到兩板塊碰撞處的縫合線。〈圖三〉
此時台灣東邊的海面上發生了一連串的火山爆發， 也就是我們說的菲律賓火山島弧， 包含了現在的綠島蘭嶼。菲律賓火山島弧所屬的菲律賓海板塊漸漸向西擠壓， 撞上了歐亞大陸板塊， 將原本中間的海擠不見了， 原本在深海底的泥巴被刮上陸地， 形成台東的利吉層， 以及在墾丁的墾丁層， 都是屬於深海泥岩， 夾雜著海中化石以及外來岩塊， 並且被剪碎的很厲害， 代表當初碰種的力量真的很大！
當兩個板塊持續擠壓， 現今的海岸山脈已經完全靠上台灣，
中央山脈和雪山山脈也被愈擠愈高，
於是風化作用再加上河流的搬運，
將高山上的礫石往兩邊帶， 在西邊堆成了火焰山的礫石層，
東邊則是卑南山礫岩， 這兩者都是屬於陸相的沉積。而台灣就形成兩側是中度變質的板岩帶，例如知本的板岩，
再往西邊是輕度變質的雪山山脈帶，
最西邊則是完全沒變質的西部麓山帶，
愈靠中間變質度愈高。
台灣島的雛形出現了之後，
河流搬運沖積的作用還在進行，
於是西邊的平原區域來愈廣，
再加上台灣島仍然持續在上升， 所以才會有我們所看見的河階地形。
而北部大屯火山群和東北部龜山島的火山仍有活動，
則更證明了台灣的造山運動還持續進行著！
 |
 |
|
圖三 |
圖四 |
